مرحوم میرزا محمد تنکابنی می گوید: مرحوم حجت الاسلام سید محمدباقر شفتی رحمه الله نمازهایش بسیار عجیب و با حال بود. در نماز حزن و گریه بسیار داشت، به گونه ای که شنونده را هم به گریه می انداخت. به هنگام گفتن تکبیره الاحرام از حالت اختیار بیرون می شد و خلاصه، نماز ایشان درنجف اشرف منحصر به فرد بود. من که نماز مغرب و عشا را پشت سر صاحب جواهر در مسجد طوسی می خواندم، هر روز برای نماز صبح، مسافت بسیاری می رفتم تا به مسجدی که مرحوم شفتی در آن نماز می خواند برسم و نماز صبح را به جماعت با ایشان بخوانم.1